गॉसियन क्यूब फ़ाइलें

परिचय

क्यूब फ़ाइल वॉल्यूमेट्रिक डेटा के साथ-साथ परमाणु स्थितियों का वर्णन करती है, यह गॉसियन सॉफ्टवेयर पैकेज से निकलती है। फ़ाइल में एक शीर्षलेख होता है जिसमें परमाणु की जानकारी और आकार के साथ-साथ वॉल्यूमेट्रिक डेटा का अभिविन्यास शामिल होता है।इसके बाद वोल्मेट्रिक डेटा, एक स्केलर प्रति वोक्सेल तत्व होता है। फ़ाइल के सभी पहलू पाठ (मानव पठनीय) हैं, मूल रूप से संख्यात्मक मान पूर्णांक के लिए 5 चौड़े थे जो प्रत्येक शीर्षलेख रेखा (पहले के बाद) शुरू करते थे और फ्लोटिंग पॉइंट मान 12.6 स्वरूपित किए गए थे, यानी 12 वर्णों के साथ 12 वर्ण चौड़े थे।

हैडर

शीर्षलेख की पहली दो पंक्तियां टिप्पणियां हैं, उन्हें आमतौर पर पैकेजों को पार्स करके या दो डिफ़ॉल्ट लेबल के रूप में उपयोग करके अनदेखा किया जाता है।

तीसरी पंक्ति में फ़ाइल में शामिल परमाणुओं की संख्या है जिसके बाद वॉल्यूमेट्रिक डेटा की उत्पत्ति की स्थिति है।

अगली तीन पंक्तियां धुरी वेक्टर के बाद प्रत्येक धुरी (एक्स, वाई, जेड) के साथ वोक्सल्स की संख्या देती हैं। ध्यान दें कि इसका मतलब है कि वॉल्यूम को समन्वय अक्ष के साथ गठबंधन करने की आवश्यकता नहीं है, वास्तव में इसका भी अर्थ है कि इसे देखा जा सकता है हालांकि अधिकांश वॉल्यूमेट्रिक पैकेज इसका समर्थन नहीं करेंगे। प्रत्येक वेक्टर की लंबाई वोक्सेल की तरफ की लंबाई है जिससे इस प्रकार गैर घन मात्राएं होती हैं। यदि आयाम में voxels की संख्या का संकेत सकारात्मक है तो इकाइयां बोहर हैं, अगर नकारात्मक तो Angstroms।

शीर्षलेख में अंतिम खंड प्रत्येक परमाणु के लिए एक पंक्ति है जिसमें 5 संख्याएं हैं, पहला परमाणु संख्या है, दूसरा (?), अंतिम तीन परमाणु केंद्र के x, y, z निर्देशांक हैं।

वॉल्यूमेट्रिक डेटा

वॉल्यूमेट्रिक डेटा सरल है, प्रत्येक वॉल्यूमेट्रिक तत्व के लिए एक फ़्लोटिंग पॉइंट नंबर। मूल गाऊसी प्रारूप ने उदाहरण में नीचे दिखाए गए प्रारूप में मानों की व्यवस्था की, अधिकांश पार्सिंग प्रोग्राम किसी भी सफेद स्पेस से अलग प्रारूप को पढ़ सकते हैं। परंपरागत रूप से ग्रिड को बाहरी अक्ष और बाहरी अक्ष के रूप में एक्स अक्ष के रूप में एक्स अक्ष के साथ व्यवस्थित किया जाता है, उदाहरण के लिए, के रूप में लिखा गया है

for (ix=0;ix<NX;ix++) {
      for (iy=0;iy<NY;iy++) {
         for (iz=0;iz<NZ;iz++) {
            printf("%g ",data[ix][iy][iz]);
            if (iz % 6 == 5)
               printf("\n");
         }
         printf("\n");
      }
   }

उदाहरण

निम्नलिखित उदाहरण में वोल्मेट्रिक डेटा 40 से 40 ग्रिड 40 40 है, प्रत्येक वोक्सल 0.28345 9 इकाइयां चौड़ा है और वॉल्यूम को समन्वय धुरी के साथ गठबंधन किया गया है। तीन परमाणु हैं।

  सीपीएमडी क्यूब फ़ाइल।
  बाहरी लूप: एक्स, मिडल लूप: वाई, इनर लूप: जेड
     3 0.000000 0.000000 0.000000
    40 0.283459 0.000000 0.000000
    40 0.000000 0.283459 0.000000
    40 0.000000 0.000000 0.283459
     8 0.000000 5.570575 5.669178 5.593517
     1 0.000000 5.562867 5.669178 7.428055
     1 0.000000 7.340606 5.669178 5.11125 9
  -0.25568E-04 0.59213E-05 0.81068E-05 0.10868E-04 0.11313E-04 0.35999E-05
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         इस मामले में 40 x 40 x 40 फ़्लोटिंग पॉइंट मान होंगे
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