Файлы Gaussian Cube

ўвядзенне

Файл апісвае аб'ёмны куб дадзеных, а таксама атамныя пазіцыі, гэта вынікае з гауссовой праграмнага пакета. Файл складаецца з загалоўка, уключаючы інфармацыю аб памерах атамаў, а таксама арыентацыі аб'ёмных дадзеных. Пасля аб'ёмныя дадзеныя, адзін скал р на вокселей элемента. Усе аспекты тэкставага файла (для чытання чалавека), першапачаткова лікавыя значэнні праз увесь 5 запускаюцца кожны загаловак (пасля першага) і 12,6 адфарматаваных значэнняў з якая плавае кропкай, гэта значыць 12 сімвалаў праз дзесятковую 6.

Першыя два радкі з каментароў загалоўка, яны, як правіла, ігнаруюцца пакеты разбору або выкарыстоўвацца ў якасці двух метак па змаўчанні.

Трэцяя лінія ад ліку атамаў, уключанай у файл пасля пазіцыі паходжання аб'ёмных дадзеных.

Гэтыя першыя тры радкі колькасці вокселей ўздоўж кожнай восі (х, у, г) з наступным зваротным вектарам. Звярніце ўвагу, што гэта азначае, што сума, неабходная для выраўноўвання восі каардынат, на самай справе, гэта таксама азначае, што ён можа быць стрыжанай у той час як большасць будзе Аб'ёмны пакеты падтрымліваюць гэта. Уся даўжыня кожнага вэктару боку вокселей, дазваляючы якія не з'яўляюцца кубічныя аб'ёмы. Калі сігнал ад колькасці вокселей ў станоўчым аспекце тагачаснага адзінак Бора, калі такія негатыўныя Ангстрэм.

У заключным раздзеле ў загалоўку аднаго радка для кожнага атама складаецца з 5 лічбаў, першае чысло атамаў, другое (?), Апошнія тры з'яўляюцца х, у, г каардынаты цэнтра атама.

Простыя аб'ёмныя дадзеныя, лік з якая плавае кропкай для кожнага элемента з'яўляюцца аб'ёмнымі. Арганізаваны Gaussian арыгінальнага фармат значэння ў фармаце, паказаным у прыкладзе ніжэй, большасць праграм для чытання разбору белых падзеленых прабелаў фармату. Традыцыйна сетка размешчана з воссю х у якасці знешняй завесы і восі г у якасці ўнутранага цыклу, напрыклад, для запісу

   for (ix=0;ix<NX;ix++) {
      for (iy=0;iy<NY;iy++) {
         for (iz=0;iz<NZ;iz++) {
            printf("%g ",data[ix][iy][iz]);
            if (iz % 6 == 5)
               printf("\n");
         }
         printf("\n");
      }
   }

Наступны прыклад аб'ёмныя дадзеныя 40 40 40 сеткі, кожная з вокселей мае шырыню а 0.283459 адзінак, а аб'ём сумешчана з воссю каардынатаў. Ёсць тры атама.

 CPMD CUBE FILE.
 OUTER LOOP: X, MIDDLE LOOP: Y, INNER LOOP: Z
    3    0.000000    0.000000    0.000000
   40    0.283459    0.000000    0.000000
   40    0.000000    0.283459    0.000000
   40    0.000000    0.000000    0.283459
    8    0.000000    5.570575    5.669178    5.593517
    1    0.000000    5.562867    5.669178    7.428055
    1    0.000000    7.340606    5.669178    5.111259
 -0.25568E-04  0.59213E-05  0.81068E-05  0.10868E-04  0.11313E-04  0.35999E-05
      :             :             :           :            :            :
      :             :             :           :            :            :
      :             :             :           :            :            :
        In this case there will be 40 x 40 x 40 floating point values
      :             :             :           :            :            :
      :             :             :           :            :            :
      :             :             :           :            :            :